Поради предстоящото обявяване на ПФК ЦСКА АД в несъстоятелност, преди началото на сезона се прави фиктивно обединение с Литекс и Чавдар (Етрополе). Литекс получава покана за участие в новосформираната Първа лига, а ЦСКА влиза на негово място. Тъй като Литекс е в друга спортна област, акционерното дружество на Литекс бива закупено от Чавдар, който след пререгистрацията се преименува на ПФК ЦСКА 1948 АД и става едноличен акционер на новото акционерно дружество, управляващо ЦСКА, преименувано на ПФК ЦСКА-София АД.
Създава се дублиращ отбор, който влиза във Втора лига, заемайки мястото на дубъла на Литекс. Част от футболистите от предния сезон са освободени, а на тяхно място са привлечени нови играчи, сред които и такива от Литекс. Осъществяват се основни реформи в детско-юношеската школа (ДЮШ) и в ръководството на клуба. В същото време, отборите на Литекс и Чавдар (Етрополе) се пререгистрират с нови търговски дружества и започват участие в Трета лига.
Поради преструктурирането на търговското дружество на ЦСКА не е проведен турнир за Суперкупата на България.
Турнири
| Турнир | М | П | Р | З | ГР |
|---|---|---|---|---|---|
| Първа професионална лига 2016/17 - първа шестица | 10 | 6 | 3 | 1 | 16:5 (11) |
| Първа професионална лига 2016/17 | 26 | 13 | 7 | 6 | 35:16 (19) |
| Купа на България 2016/17 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1:2 (-1) |
| Суперкупа на България 2016 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 (0) |
| Втора професионална лига 2016/17 | 30 | 9 | 6 | 15 | 44:49 (-5) |
| Турнир „Царско село“ 2016 | 2 | 2 | 0 | 0 | 3:0 (3) |
| Контролни срещи 2016/17 - „Б“ отбор | 12 | 7 | 2 | 3 | 30:17 (13) |
| Контролни срещи 2016/17 | 14 | 6 | 2 | 6 | 25:23 (2) |
| ОБЩО ОФИЦИАЛНИ - ПЪРВИ ОТБОР | 37 | 19 /51%/ | 10 /27%/ | 8 /22%/ | 52:23 (29) |
| ОБЩО ОФИЦИАЛНИ - ВТОРИ ОТБОР | 30 | 9 /30%/ | 6 /20%/ | 15 /50%/ | 44:49 (-5) |
| ОБЩО | 95 | 43 /45%/ | 20 /21%/ | 32 /34%/ | 154:112 (42) |
Играчи
| Nº | Име | Първенство [1] | Купа [2] | Общо | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Мач | Мин | Гол | ЖК | ЧК | Мач | Мин | Гол | ЖК | ЧК | Мач | Мин | Гол | ЖК | ЧК | ||
| 2. | Стойчо Атанасов | 7 | 654′ | - | 2 | - | - | - | - | - | - | 7 | 654′ | - | 2 | - |
| 3. | Антон Недялков | 34 | 3187′ | - | 6 | - | 1 | 17′ | - | - | - | 35 | 3204′ | - | 6 | - |
| 4. | Божидар Чорбаджийски | 31 | 2915′ | 3 | 10 | 1 | 1 | 90′ | - | - | - | 32 | 3005′ | 3 | 10 | 1 |
| 5. | Рафаел Перес | 16 | 1444′ | 1 | 5 | 1 | 1 | 87′ | - | 2 | 1 | 17 | 1531′ | 1 | 7 | 2 |
| 5. | Мартин Симеонов | 1 | 90′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | 90′ | - | - | - |
| 6. | Рубен Пинто | 27 | 2236′ | 2 | 5 | - | 1 | 90′ | - | - | - | 28 | 2326′ | 2 | 5 | - |
| 7. | Кевин Меркадо | 14 | 576′ | 1 | 1 | - | - | - | - | - | - | 14 | 576′ | 1 | 1 | - |
| 8. | Кевин Кубемба | 12 | 600′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 12 | 600′ | - | - | - |
| 9. | Фернандо Каранга | 12 | 1069′ | 6 | 2 | - | - | - | - | - | - | 12 | 1069′ | 6 | 2 | - |
| 10. | Арсенио | 28 | 2013′ | 4 | 5 | - | 1 | 90′ | - | - | - | 29 | 2103′ | 4 | 5 | - |
| 10. | Румен Руменов | 1 | 95′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | 95′ | - | - | - |
| 11. | Станислав Манолев | 24 | 2210′ | - | 8 | - | - | - | - | - | - | 24 | 2210′ | - | 8 | - |
| 12. | Георги Китанов | 33 | 3123′ | - | 3 | - | 1 | 90′ | - | - | - | 34 | 3213′ | - | 3 | - |
| 14. | Николай Бодуров | 16 | 1512′ | 1 | 2 | - | - | - | - | - | - | 16 | 1512′ | 1 | 2 | - |
| 15. | Кристиян Малинов | 17 | 1001′ | - | 6 | 1 | 1 | 90′ | - | 1 | - | 18 | 1091′ | - | 7 | 1 |
| 16. | Красимир Станоев | 2 | 111′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 2 | 111′ | - | - | - |
| 17. | Давид Симао | 22 | 1597′ | 3 | 7 | 1 | - | - | - | - | - | 22 | 1597′ | 3 | 7 | 1 |
| 19. | Кирил Десподов | 25 | 1416′ | 4 | 2 | - | - | - | - | - | - | 25 | 1416′ | 4 | 2 | - |
| 19. | Митко Митков | 1 | 15′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | 15′ | - | - | - |
| 20. | Петрус Бумал | 22 | 1465′ | 2 | 8 | - | - | - | - | - | - | 22 | 1465′ | 2 | 8 | - |
| 20. | Петър И. Витанов | 1 | 95′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | 95′ | - | - | - |
| 21. | Руи Педро | 25 | 1461′ | 4 | 4 | - | 1 | 45′ | 1 | - | - | 26 | 1506′ | 5 | 4 | - |
| 21. | Радослав Илиев | 1 | 5′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | 5′ | - | - | - |
| 22. | Никола Колев | 9 | 513′ | - | 2 | - | - | - | - | - | - | 9 | 513′ | - | 2 | - |
| 23. | Александър Дюлгеров | 19 | 1393′ | 1 | 1 | - | 1 | 90′ | - | - | - | 20 | 1483′ | 1 | 1 | - |
| 25. | Тонислав Йорданов | 1 | 95′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | 95′ | - | - | - |
| 26. | Густаво Кулма | 30 | 2348′ | 7 | 5 | - | - | - | - | - | - | 30 | 2348′ | 7 | 5 | - |
| 26. | Георги Търтов | 1 | 90′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | 90′ | - | - | - |
| 28. | Пламен Гълъбов | 2 | 79′ | - | 2 | 1 | - | - | - | - | - | 2 | 79′ | - | 2 | 1 |
| 29. | Милчо Ангелов | 10 | 321′ | 4 | - | - | 1 | 45′ | - | - | - | 11 | 366′ | 4 | - | - |
| 29. | Милен Манчев | 1 | 5′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | 5′ | - | - | - |
| 30. | Александър Конов | 3 | 286′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 3 | 286′ | - | - | - |
| 7. | Диого Виана | 18 | 1342′ | 5 | 3 | - | 1 | 73′ | - | - | - | 19 | 1415′ | 5 | 3 | - |
| 8. | Борис Галчев | 8 | 483′ | - | 2 | - | - | - | - | - | - | 8 | 483′ | - | 2 | - |
| 9. | Преслав Йорданов | 11 | 801′ | 3 | 3 | - | - | - | - | - | - | 11 | 801′ | 3 | 3 | - |
| 14. | Самир Аясс | 4 | 123′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 4 | 123′ | - | - | - |
| 18. | Александър В. Георгиев | 6 | 202′ | - | - | - | 1 | 90′ | - | - | - | 7 | 292′ | - | - | - |
| 20. | Станислав Маламов | 4 | 238′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 4 | 238′ | - | - | - |
| 21. | Иван Минчев | 1 | 23′ | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | 23′ | - | - | - |
| 24. | Лазар Марин | - | - | - | - | - | 1 | 45′ | - | - | - | 1 | 45′ | - | - | - |
| 25. | Вилмар Джордан | 3 | 127′ | - | - | - | 1 | 45′ | - | 1 | - | 4 | 172′ | - | 1 | - |
- Мач - брой мачове, изиграни през сезона. В скоби са показани мачовете, в които е влязъл като резерва.
- Мин - общо минути в които е бил на терена. Когато няма друга информация мачът се калкулира като две полувремена по 45 минути
- Гол - общо вкарани голове. В скоби са показани колко от тях са от дузпи. Дузпите след края на мача не се калкулират.
- ЖК - натрупани жълти картони
- ЧК - натрупани червени картони
- [1] - Включва всички официални шампионатни турнири от сезона [Първа професионална лига - първа шестица, Първа професионална лига]
- [2] - Включва всички официални вътрешни купи от сезона [Купа на България]