Сезон 2008/09

На 21 май 2008 г. Лицензионната комисия към Българския футболен съюз (БФС) отказва лиценза на ЦСКА заради задължения в размер на 254 000 лв. към Вихрен (Сандански) и 937 000 лв. към Националната агенция за приходите (НАП). Ръководството на клуба обжалва решението, но апелативната комисия потвърждава отказа за лиценз. На 3 юни 2008 г. официално става известно, че отборът е изваден от европейските клубни турнири и е застрашен от изваждане от „А“ група. На 5 юни 2008 г. президентът на ЦСКА Александър Томов подава оставка, а временно за президент е назначен Емил Костадинов. На 26 юни Лицензионната комисия издава лиценз на ЦСКА за новия сезон, но поставя условия, които трябва да бъдат изпълнени до 4 август. Вследствие на проверка, започнала на 11 юни от Държавна агенция "Национална сигурност" (ДАНС), е образувано досъдебно производство срещу Александър Томов и Александър Гарибов за присвояване на около 5 милиона лева от Кремиковци чрез ЦСКА.

В подготовката за новия сезон ЦСКА стартира без титулярите си, като 10 футболисти напускат клуба, а треньорът Стойчо Младенов изразява недоволство от продажбата на ключови играчи. За нов треньор е назначен Димитър Пенев, заместник-председател на надзорния съвет.

На 5 август Лицензионната комисия предоставя лиценз на ЦСКА за участие в „А“ група, но седмица преди началото на първенството напускат още трима футболисти, в резултат на което ЦСКА стартира сезона с подмладен състав.

На 6 март 2009 г. Димитър Борисов и Иво Иванов подписват договор за покупко-продажба на отбора с представителя на Прамод Митал, Александър Томов.